Al término del tercer año, después de haber superado un examen complexivo de las principales materias teológicas cursadas, el alumno obtiene el título de Diplomado en Ciencias Religiosas otorgado por la Facultad patrocinadora. La Diplomatura en Ciencias Religiosas tiene vigencia canónica y reconocimiento civil. Su capacitación académica en España permite ser profesor de Religión en los diversos niveles escolares: acompañada de título de Magisterio se pueden dar clases en la Educación Infantil y Primaria, y, con una licenciatura civil, en el resto de los niveles: Educación Secundaria Obligatoria, Bachillerato...

Al término del quinquenio, el título que, otorgado por la Facultad de Teología de la Universidad de Navarra, pueden obtener los alumnos ordinarios del Instituto es el de Licenciado en Ciencias Religiosas, una vez superado académicamente el examen complexivo de grado sobre la materia teológica, conforme a un temario aprobado por la Facultad patrocinadora. Asimismo se exige a los aspirantes al grado académico inscribir en Secretaría y elaborar por escrito una tesina bajo la dirección de un profesor del Instituto. La Licenciatura en Ciencias Religiosas tiene también vigencia canónica y reconocimiento civil. Su capacitación académica en España permite al Licenciado en Ciencias Religiosas ser profesor del Área de Religión en todos los niveles educativos, sin necesidad de tener otra licenciatura civil. También le prepara para las tareas de dirección en Centros educativos, colaboración en editoriales...