En cada curso académico hay dos convocatorias de exámenes: ordinaria, que tiene lugar en febrero o junio de cada curso, según el calendario señalado por el Consejo del Instituto, y extraordinaria, que se realiza en septiembre del mismo curso, para los alumnos que no tengan aprobadas las asignaturas en la convocatoria ordinaria. La matrícula formalizada con anterioridad a una convocatoria ordinaria es válida para dicha convocatoria y la extraordinaria correspondiente, independientemente de si un alumno anula una o ambas convocatorias.

En el mes de febrero hay una convocatoria extraordinaria del curso precedente para los alumnos que tengan cursada la escolaridad. Para poder presentarse a esta convocatoria es imprescindible renovar la matrícula de aquellas asignaturas en las que va a examinarse.

Para aprobar una asignatura los alumnos disponen de cuatro convocatorias de examen en cada asignatura. Por causas excepcionales, el Director puede autorizar hasta dos convocatorias suplementarias.

La solicitud de ampliación de convocatorias, deberá formalizarse en el mes siguiente al de la publicación de las calificaciones de la tercera convocatoria, mediante escrito razonado dirigido al Director del Instituto.

Los exámenes correspondientes a la cuarta convocatoria de cada asignatura, o a la quinta y sexta convocatoria cuando se conceda la ampliación, se realizarán ante Tribunal constituido al efecto, que deberá valorar, además de los resultados de la prueba realizada, el historial académico y demás circunstancias que concurran en el alumno. 

Anulación de convocatoria: La renuncia al derecho de examen de una asignatura implica que la convocatoria en que debía realizarse el examen no se contabilizará a efectos del cómputo total de convocatorias a las que el alumno tenga derecho.

Los alumnos no pueden renunciar discrecionalmente a las convocatorias de exámenes que deben rendir, pero podrán ser dispensados de aquellas a las que no puedan concurrir por causa debidamente justificada y alegada por escrito dirigido al Director durante el período de tiempo que el Instituto establezca. Salvo en los casos de dispensa señalados, se computarán sucesivamente todas las convocatorias de los cursos en los que el alumno estuviere matriculado, incluso aquellas en que no se presente a examen o hubiera agotado en otras Universidades.

Los tribunales constituidos para los exámenes de Licenciatura estarán formados por dos profesores del Instituto, designados por el Director, y presidido por un profesor designado por el Decano de la Facultad de Teología patrocinadora.

Los tres profesores refrendarán con su firma la calificación obtenida por el alumno, cuya acta será enviada al Decano de la Facultad de Teología de la Universidad de Navarra para que sea reconocida oficialmente y, de este modo, pueda ser expedido por la propia Facultad el título académico de Licenciado en Ciencias Religiosas.

Las calificaciones de asignaturas y seminarios se expresan con los siguientes términos: supenso: desde 0 hasta 4,9 puntos; aprobado: desde 5,0 hasta 6,9 puntos; notable: desde 7,0 hasta 8,9 puntos; sobresaliente: desde 9,0 hasta 10 puntos.

El profesor podrá otorgar matrícula de honor a los alumnos que hayan obtenido una calificación igual o superior a 9. Su número no podrá exceder del 5% del número de matriculados, salvo que sea inferior a 20, en cuyo caso podrá conceder una sola matrícula de honor.