La Biblioteca con la que cuenta el Instituto Superior de Ciencias Religiosas "San Francisco Javier", es la Biblioteca del Seminario Conciliar de la Archidiócesis de Pamplona.

En ella se integran la totalidad de los fondos bibliográficos y documentales, con un número aproximado de 150.000 volúmenes y 2.650 títulos de revistas de las cuales 169 están vivas.

Bibliotecario Rvdo. D. Juan Antonio Aznárez Cobo
Directora técnica Dña. Inmaculada Ávila Ojer
Ayudante y responsable de la Librería Religiosa Dña. Maite Azpilicueta Hernandorena